По прибутті до Львова, єзуїти зайнялись головним завданням – пошуком місця для будівництва свого комплексу. Варіантів, які розглядались, було надзвичайно багато, зокрема храм могли збудувати навіть у єврейському кварталі. Справу вирішив конфлікт між орденом та містом, до якого була втягнута єврейська громада міста. Справа в тім, що 1600 р. єзуїти дізнались, що місто неправомірно передало євреям ділянку землі, де вони встигли навіть збудувати синагогу Золота Роза. Розпочалась судова справа в ході якої було досягнуто домовленості, що місто передає єзуїтам ділянку землі вздовж західного муру (де монахи вже мали власність), а євреї компенсовували місту вартість переданих ділянок. Королівським декретом від 1608 р. це рішення було затверджено. Так монахи отримали все необхідне для початку процесу будівництва свого комплексу. 1608 р. було відкрито колегію, а з 1610 р. розпочався процес будівництва храму.

На сьогоднішній день нам не відоме ім’я автора проекту побудови храму. Але саме цей план був затверджений, і 31 липня 1610 р. було закладено та освячено наріжний камінь. Окремо слід зауважити, що всупереч поширеній думці сам храм не стояв на місці старої міської лазні (згідно з планом лазня була на місці будинку колегії). Натомість, досі у підземеллях храму ми можемо побачити фрагменти будівлі катедральної школи (про яку ми знаємо з XV ст.), будинку пробоща катедри та елементи конструкцій приватних кам’яниць. Першим керівником «фабрики» (процесу будівництва) був монах Себастьян Ламхіус протягом 1612-14 рр. Того ж 1614 р. було закладено фундаменти під південну сторону храму, а до кінця року стіни були вимурувані на висоту 3-х «ліктів» (59,6 см). 1615-17 рр. – перерва у будівництві. Відновлено 1617 р., коли роботами керував муляр Войцех Рагоніус. Правда, вже за рік «фабрика» знову була зупинена. Повноцінно роботи відновились з приїздом Джакомо Бріано, який у 1620 р. очолив процес будівництва. Він підготував кілька нових проектів, які знайшли відображення у дослідженнях проф. Анджея Бетлея. Детальніший огляд цих проектів, частина з яких виконана у стилі ренесансу, а не бароко, дає можливість спростувати ще один міф про храм, а саме обов’язковість копіювання стилю римського храму Іль Джезу. Як би там не було, але й Бріано недовго керував роботами. У 1624 р. будівництво знову призупинилось. До більш-менш логічного завершення роботи вдалось довести Валентину Депіціусу (Walenty Depicius), який керував роботами з 1626 по 1635 рр. Що цікаво, храм був відкритий офіційно 9 вересня 1630 р., коли до нього були внесені Святі Дари та головні святині –  ікони Матері Божої Утішительки і св. Станіслава Костки. Повноцінно роботи були завершені аж у 60-их рр.

Так розпочалась історія одного з найбільших храмів старого Львова.