По прибутті до Львова, єзуїти зайнялись головним завданням – пошуком місця для будівництва свого комплексу. Варіантів, які розглядались, було надзвичайно багато, зокрема храм могли збудувати навіть на площі Ринок, однак сталося по-іншому. У 1608 р. Королівським декретом було затвержено виділення ділянки землі вздовж західного муру міста. Так монахи отримали все необхідне для початку процесу будівництва свого комплексу. 1608 р. було відкрито колегію, а з 1610 р. розпочався процес будівництва храму.

На сьогоднішній день нам не відоме ім’я автора проекту побудови храму. Але саме цей план був затверджений, і 31 липня 1610 р. було закладено та освячено наріжний камінь. Окремо слід зауважити, що всупереч поширеній думці сам храм не стояв на місці старої міської лазні (згідно з планом лазня була на місці будинку колегії). Натомість, досі у підземеллях храму ми можемо побачити фрагменти будівлі катедральної школи (про яку ми знаємо з XV ст.), будинку пробоща катедри та елементи конструкцій приватних кам’яниць. Першим керівником «фабрики» (процесу будівництва) був монах Себастьян Ламхіус протягом 1612-14 рр. Того ж 1614 р. було закладено фундаменти під південну сторону храму, а до кінця року стіни були вимурувані на висоту 3-х «ліктів» (59,6 см). 1615-17 рр. – перерва у будівництві. Відновлено 1617 р., коли роботами керував муляр Войцех Рагоніус. Правда, вже за рік «фабрика» знову була зупинена. Повноцінно роботи відновились з приїздом Джакомо Бріано, який у 1620 р. очолив процес будівництва. Він підготував кілька нових проектів, які знайшли відображення у дослідженнях проф. Анджея Бетлея. Детальніший огляд цих проектів, частина з яких виконана у стилі ренесансу, а не бароко, дає можливість спростувати ще один міф про храм, а саме обов’язковість копіювання стилю римського храму Іль Джезу. Як би там не було, але й Бріано недовго керував роботами. У 1624 р. будівництво знову призупинилось. До більш-менш логічного завершення роботи вдалось довести Валентину Депіціусу (Walenty Depicius), який керував роботами з 1626 по 1635 рр. Що цікаво, храм був відкритий офіційно 9 вересня 1630 р., коли до нього були внесені Святі Дари та головні святині –  ікони Матері Божої Утішительки і св. Станіслава Костки. Повноцінно роботи були завершені аж у 60-их рр.

Так розпочалась історія одного з найбільших храмів старого Львова.